Cafodd Tom Nefyn amser cynhyrfus yn y Tymbl , a thynnodd ei bregethu ar faterion cymdeithasol — cyflogau, cyflwr tai'r glowyr, &c. — sylw mawr. Yr oedd ei syniadau am natur eglwys a'i olygiadau athrawiaethol hefyd braidd yn newydd. Amheuai rhai o arweinwyr Henaduriaeth De Myrddin ei fod yn cyfeiliorni o ran ei athrawiaeth, ac aed â'i achos gerbron Sasiwn y De . Mynnai, ar lawr y sasiwn, gael gwybod beth oedd y safonau athrawiaethol y disgwylid iddo gydymffurfio â hwy. Llusgodd yr achos yn ei flaen o sasiwn i sasiwn, a rhoddwyd sylw mawr iddo gan y wasg ddyddiol ac wythnosol. Cyhoeddodd yntau faniffesto maith (80 tt.) yn 1928 , dan y teitl Y ffordd yr edrychaf ar bethau , ac yn sasiwn Treherbert ( Ebr. 1928 ) datganwyd fod ei olygiadau athrawiaethol yn groes, nid yn unig i safonau'r Cyfundeb , ond i ffydd hanesyddol yr eglwys Gristionogol . Gofynnwyd iddo ailystyried ei safle a chydymffurfio â safonau ei Gyfundeb neu ymddiswyddo fel gweinidog . Apeliodd nifer o weinidogion a lleygwyr blaenllaw'r Cyfundeb yn erbyn dyfarniad y sasiwn, a chyhoeddwyd pamffledyn o ble a phrotest yn enw pump o flaenoriaid Ebeneser . Yn sasiwn Nantgaredig ( Awst 1928 ) penderfynwyd ‘ ei fod i'w atal o holl waith y weinidogaeth ’ gan hyderu y câi ei arwain i ailystyried ei safle a chael ei le'n ôl fel gweinidog . Gorffennodd ei weinidogaeth yn Ebeneser yn nechrau Medi. Datgorfforwyd eglwys Ebeneser ac ailgorfforwyd eglwys yno i'r sawl a gydymffurfiai ag amodau'r Cyfundeb . Ymgasglodd ei gefnogwyr yn y Tymbl at ei gilydd, a chafwyd cymorth ariannol gan y Crynwyr i adeiladu ‘ty cymdeithas’ yn y pentref. Agorwyd Llain-y-Delyn yn niwedd Tach. 1929 , ond siomwyd y cefnogwyr pan benderfynodd Tom Nefyn , ar ôl tymor o orffwys a myfyrdod yn sefydliad y Crynwyr yn Woodbrooke , Selly Oak , Birmingham , gael ei adfer fel gweinidog gan ei Gyfundeb . Teimlai'n barod bellach i dderbyn y ‘ Datganiad byr ar ffydd a buchedd ’ a fabwysiadwyd gan y Corff , a derbyniwyd ef yn ôl yn sasiwn Porthcawl yn Ebr. 1931 (gw. The Tom Nefyn controversy , pamffledyn a gyhoeddwyd gan The Welsh Review Co., Ltd. , Tonmawr , Port Talbot ( c. 1929 ); Tom Nefyn-Williams, Yr Ymchwil ( 1949 ); ac E. P. Jones , Llain-y-Delyn, cymdeithas Gristnogol y Tymbl ( 1970 ).)

Yn 1932 derbyniodd Tom Nefyn alwad i fugeilio eglwys Bethel , Rhosesmor, Ffl. , a bu yno hyd 1937 . Symudodd wedyn i'r Gerlan yn Arfon ( 1937-46 ); arolygu eglwysi Tarsis a South Beach , Pwllheli ( 1946-49 ); a gofalu am eglwysi Edern a'r Greigwen yn Llyn ( 1949-58 ). Efengylai yn ei ddull arbennig ef ei hun ar hyd y blynyddoedd hyn, ac ni bu neb yn fwy effeithiol nag ef yn ei genhadaeth, nid yn unig mewn capel ond mewn neuaddau ac ysbytai a thafarnau ac yn yr awyr agored mewn ffeiriau ac ar gornel stryd a'r priffyrdd. Efengylai y ffordd y cerddai trwy ganu a phregethu a chynghori. Nid oedd yn un hawdd cydweithio ag ef, gan y mynnai ei ffordd ei hun; gellid dweud mai dyn unig ydoedd er ei fod yn caru'i gyd-ddynion yn angerddol. Ysgrifennodd lawer i'r Goleuad . Fel ei dad o'i flaen hoffai brydyddu , a cheir ei ganeuon yn Yr ymchwil ac yn y papurau wythnosol, &c. Bu f. yn ddisymwyth nos Sul 23 Tach. 1958 , ar ôl cadw oedfa yng nghapel Rhydyclafdy , a chladdwyd ei weddillion yn Edern .