Yn ystod y Rhyfel Cartrefol yr oedd, fel ei dad, yn Frenhinwr yr oedd plaid y Senedd yn cadw eu llygaid arno. Cymerwyd ei fywiolaethau oddi arno cyn Deddf y Taenu oherwydd ei fod yn eu dal ‘in plurality’ ac am iddo wrthod cymryd y ‘cyfamod,’ eithr caniatawyd iddo gael derbyn y ‘bumed’ ('fifths’) am beth amser. Ym mis Mai 1648 fe'i cymerwyd yn garcharor gan y cyrnol Horton wedi brwydr Sain Ffagan , a bu yng ngharchar yng Nghaerloyw oblegid ei annheyrngarwch i'r Senedd . Ar 9 Chwefror 1651 gorchmynnwyd ei gymryd i'r ddalfa, a'r flwyddyn ddilynol bu raid iddo fforffedio, oherwydd teyrnfradwriaeth, stad fechan a oedd ganddo, trwy ei wraig, yn Eye , sir Henffordd . Ymladdodd yn erbyn hyn gan lwyddo yn y diwedd. Bu'r achos o flaen Cyngor y Wladwriaeth a'i trosglwyddodd i bwyllgor sir Forgannwg (‘ the Glamorgan Committee ’); bu'r achos hefyd yn cael ei drin yn Goldsmiths’ Hall , a chan gomisiynwr sir Henffordd ; ar 31 Mai 1652 cafwyd dyfarniad gan y Cyfrin Gyngor yn gorchymyn rhoddi'r eiddo yn ôl iddo. Yn 1654 yr oedd yn dal rhyw swydd eglwysig yn Fordham , sir Gaergrawnt .

Wedi'r Adferiad etholwyd Lloyd yn esgob Llandaf , 17 Hydref 1660 , a chafodd ei swydd fel archddiacon Tyddewi yn ei hôl, ynghyd â'i fywiolaethau yn siroedd Morgannwg a Threfaldwyn ; gwnaethpwyd ef hefyd yn rheithor Llangatwg , sir Frycheiniog , a chafodd sedd prebend Caerau yn eglwys gadeiriol Llandaf . Yr oedd ganddo gryn ddiddordeb yng ngwaith ei esgobaeth, ac yr oedd yn egnïol o blaid sefydlu ‘ysgolion rhad’ ; ysgrifennodd Articles of Visitation and Enquiry concerning matters ecclesiastical a A Letter to the Clergy for support of the Free Schools , gan ddisgrifio sir Forgannwg yn y Letter yn ‘ utterly destitute of schools .’ Bu f. 7 Ionawr 1667 a'i gladdu yn eglwys gadeiriol Llandaf .