Yn ei ewyllys, gadawodd bron y cwbl o'i arian (tua £50,000) at achosion da. Ond yn herwydd diffygion ffurfiol yn yr ewyllys, aed i ymgyfreithio yn ei chylch, ac nid cyn 1721 , ac wedi newid peth arni, y daeth allan o'r pair. Nodir yma dri pheth a ddaeth ohoni: (1) sefydlu saith o ysgolion elusennol yng Ngogledd Cymru , gyda darpariaeth at brentisio'r disgyblion wedyn — trowyd y rhain yn ysgolion ‘Brutanaidd’ tua 1850 , ond pan ddaeth Deddf 1870 , a roddai'r ysgolion elfennol ar y trethi, crynhowyd gwaddol ysgolion Daniel Williams i godi ysgol breswyl i ferched , yn Nolgellau , a elwir hyd heddiw ‘ Dr. Williams's School ’; (2) sefydlu ysgoloriaethau i ddarparweinidogion Ymneilltuol i fynd i Brifysgol Glasgow , ac ysgoloriaethau llai i fynd i academi Caerfyrddin ; (3) sefydlu llyfrgell enwog y Dr. Williams yn Llundain — ond yn hyn o beth, datblygodd yr ymddiriedolwyr y cynllun ar raddfa lawer helaethach nag a amcenid gan Daniel Williams ei hunan.

Nid oedd Daniel Williams wedi anghofio Cymru , fel y dengys ei ewyllys — serch mai ei chwaer, Elizabeth Roberts , a fynnodd neilltuo peth o'r stad i dalu symiau blynyddol bychain (fe'u telir hyd heddiw) i weinidogion amryw o'r cynulleidfaoedd Ymneilltuol hynaf yn y Gogledd. Cadwai ei lygad ar Gymru , ac efe, yn 1690 , a oedd yn gyfrifol am drefnu'r adroddiad ar Gymru i ddiben rhoi grantiau i'w gweinidogion allan o'r ‘Common Fund’ (gw. Gordon , Freedom after Ejection ). Aeth llawer Cymro i Glasgow ar waddol Daniel Williams . Dylid nodi un canlyniad yng Nghymru o'r ffrae rhyngddo ef a'r uchel-Galfiniaid , sef hollti hen gynulleidfa enwog Wrecsam . Yn eu dicter at ymosodiadau Thomas Edwards o'r Rhual [q.v.] ar Daniel Williams , ymadawodd Presbyteriaid Wrecsam â'r gynulleidfa, a ffurfio'r ‘ New Meeting ’; Daniel Williams a gododd dŷ cwrdd iddynt yn Chester-Street , a gwaddolodd hwy yn ei ewyllys. A gellir ystyried ‘dadl Henllan Amgoed ’ (gw. dan ‘ Owen , Jeremy ’ ) yn ganlyniad arall.