Fel gelyn anghymodlon i Fethodistiaeth y cofir John Owen . Y mae llythyr chwerw ganddo yn Account of the Welsh Charity Schools John Evans , Eglwys Cymyn [q.v.] , a sonnir yno hefyd am lythyr a anfonodd ef a'i gyfeillion at Griffith Jones ei hunan, yn cwyno'n erwin ar ‘fethodisteiddiwch’ yr ysgolion cylchynol. Gwrthododd yn chwyrn ( 1741 ) gais Howel Harris i sefydlu ysgol yn eglwys Llannor ; a phan roddwyd lloches i'r ysgol gan William Prichard [q.v.] , manteisiodd ar eiriau a ddywedwyd gan hwnnw ym mynwent yr eglwys i'w erlyn ( E. B. Jones , yn Llawlyfr Undeb yr Annibynwyr , 1923 , 46-7) o flaen y llys esgobol ym Mangor — amddiffynnwyd Prichard gan y cyfreithiwr John Williams o'r Tŷ Fry ( Môn ); taflwyd yr achos i'r Sesiwn Fawr , ac ymhen tair blynedd collodd John Owen y dydd — ond bu'n rhaid i William Prichard ymado â'r Glasfryn . Ni adawai John Owen lonydd i'r Methodistiaid ; sonia'r llyfrau am fwy nag un enghraifft o'i waith yn eu dwyn o flaen y llys am dorri ‘ Conventicle Act ’ 1664 , ac y mae yn llyfrgell Coleg Bangor ( Gwyneddon MS. 17B ) gopïau o achwynion ganddo i'r llys, yn erbyn Methodistiaid , ynghyd â'r ddedfryd o esgymundod a ddilynodd. Y mae'n amlwg ei fod hefyd yn cadw ei olwg ar ei henfro tua Llanidloes , ac yn helpu clerigwyr yno i weithredu yn yr un modd — gw. Bennett , Meth. Trefaldwyn Uchaf , 41-2 a 64-5. Nid yw'n rhyfedd i Robert Jones o Roslan , gan gydnabod er hynny ei allu, a'i huodledd fel pregethwr , roi lle mor helaeth iddo yn Drych yr Amseroedd (61-2, 77-8 yn yr argraffiad gwreiddiol = 49-50, 58-60 yn argraffiad O. M. Edwards ) — diamau fod gofyn cymryd rhyw gymaint o halen gydag adroddiad yr hen groniclydd , yn enwedig o'r cosbedigaethau a ddug ‘rhagluniaeth’ am ben y canghellor . Eto, cofier barn ei gyd-glerigwr John Lewis o Blas Llanfihangel-tre'r-beirdd am John Owen , pan glybu ei fod i gael ei benodi'n ganghellor : ‘ famous for a troublesome litigious temper, and of an obscure mean family; … strange that the bishop was so imposed upon in appointing him ’ ( Henllys MS. 630 yn llyfrgell Coleg y Gogledd ).