Bythefnos cyn hyn yr oedd Rupert wedi ysgrifennu o Ffrainc yn gwahodd Owen i ddod â brigâd o Gymry drosodd i wasnaethu yn y wlad honno, eithr bu raid iddo, o'i anfodd, wrthod y gwahoddiad oherwydd prinder moddion cludo. Adnewyddwyd ei gomisiwn yn yr ail Ryfel Cartrefol ( 31 Mawrth 1648 ). Llwyddodd i gael sir Feirionnydd i godi o blaid y brenin ac arfaethai ymuno â Rowland Laugharne [q.v.] yn sir Benfro , eithr dewisodd yn hytrach warchae tref Caernarfon ar adeg pan oedd hi'n rhy hwyr i wneuthur hynny. Gorfu iddo gilio'n ôl trwy Fangor o flaen lluoedd cryfach, gyda siryf y Senedd , William Lloyd , a glwyfasid, yn garcharor yn ei ddwylo; gwasgwyd arno ef a'i wŷr ar lan y môr yn y Dalar Hir , Llandegai ( 5 Mehefin ), lle y gwasgarwyd ei filwyr gan Mytton a'i gymryd yntau ei hunan yn garcharor gan capten Edward Taylor (gw. dan Kenrick ), a gafodd ei wobrwyo'n dda gan y Senedd ; bu'r siryf farw oherwydd treialon y siwrnai . Taflwyd Owen i garchar yng nghastell Dinbych , aethpwyd ag ef i Lundain i sefyll ei brawf am deyrnfradwriaeth yn erbyn y Senedd , am beidio â chadw at delerau ei ymostyngiad, ac am achosi marwolaeth y siryf. Symudwyd ef i Windsor ( 26 Mehefin ), ac yna daethpwyd ag ef yn ôl i Lundain i'w brofi wedi i Dŷr Arglwyddi atal gorchymyn i'w alltudio ef a Laugharne ( 14 Tachwedd ) ac i Senedd y ‘Rump’ benderfynu, ddau ddiwrnod wedi dienyddio 'r brenin ( 1 Chwefror 1649 ), ei brofi ef a phrif gynllwynwyr eraill yr ail Ryfel Cartrefol o flaen yr un llys. Wedi iddo ei amddiffyn ei hun mewn modd cadarn, heb gymorth pleidydd ( 9 Chwefror — 6 Mawrth ), condemniwyd ef i farwolaeth; drannoeth, fodd bynnag, gwnaeth betisiwn i gael ei ollwng yn rhydd — y mae amryw gopïau mewn drafft ohoni ar gael — a llwyddodd; credai ef ei hunan mai Cromwell neu James Challenor a gyfryngodd ar ei ran; credai Clarendon mai Ireton oedd y cyfryngwr; tra y dywed adroddiadau eraill mai rhyw lysgenhadon tramor a ddylanwadodd, a bod ar y Llywodraeth ofn y byddai helynt yng Nghymru os na chaniateid y cais. Erbyn Gorffennaf yr oedd yn rhydd ac yn abl i ddiddanu'r dyddiadurwr John Evelyn yn Llundain gyda thelynor Cymreig , ac yr oedd yn ôl yn ei gartref ym mis Medi. Gwnaethpwyd ymdrech i gael arian o'i stad a oedd eisoes wedi ei dirwyo ( 27 Mai 1647 ) i'r swm o £771, arian yr oeddid ( 10 Chwefror 1646 ) yn edrych arno fel cronfa i ad-dalu ohoni fenthyciadau a wnaethpwyd yn ystod ymgyrch Myddelton eithr lluddiwyd yr ymdrech gan Mytton ac y mae'n ymddangos i Myddelton , yntau, ymddwyn gyda pheth hynawsedd ym mater y ‘sequestration.’ Ymddiddorodd Owen yr adeg hon yn ei gŵn a'i hebogau yn Clenennau . Ni allai fynd i ffwrdd o'i gartref heb ganiatâd arbennig (‘pass’) ac fe'i rhoddwyd o dan ofalaeth arbennig (‘preventive restraint’) deirgwaith; yn Ninbych (er iddo gael caniatâd arbennig lawer tro i fynd oddi yno) yn Awst — Medi 1651; yng Nghaer ym mis Gorffennaf 1655 (pryd yr oedd llawer o gynllwynion ar droed) hyd nes y llwyddodd apeliadau drosto at Cromwell a rhai o'i wŷr (a John Jones y ‘regicide’ yn eu plith) i'w gael yn rhydd ar 17 Awst; a thrachefn yn Biwmares am dair wythnos yn 1658 . Ar wahân i apêl a wnaeth at Cromwell yn erbyn yr hyn a ofynnwyd ganddo o dreth y degfed (‘decimation tax’) yn 1655 , ni chymerodd unrhyw ran (hyd y gwyddys) mewn materion gwleidyddol hyd nes, pan galonogwyd ef wrth dderbyn llythyr oddi wrth ddug York a oedd yn alltud ( 7 Gorffennaf 1659 ), yr ymunodd yng ngwrthryfel Booth ; canlyniad hyn ydoedd gorchymyn newydd i gymryd ei eiddo oddi arno (‘sequestration’), eithr ni roddwyd y gorchymyn mewn grym oherwydd i'w frawd (gw. isod) gyfryngu drosto. Pan ddychwelodd y brenin ( Siarl II ) apeliodd am gael gwneuthur iawn iddo ac am gael dial am yr hyn a ddioddefodd ar gam ( 31 Gorffennaf 1660 ), a rhoddwyd iddo'r swydd o is-lyngesydd (‘vice-admiral’) Gogledd Cymru ; yn rhinwedd ei swydd fel dirprwy-raglaw bu'n cydweithio â William Griffith , Cefnamwlch [q.v.] i chwilio am bleidwyr yr hen Lywodraeth a thalu'n ôl i'r rheini a fu'n brysur bedwar-mis-ar-ddeg yn gynt ym mater cymryd ei eiddo oddi arno (‘sequestration’). Bu f. yn Clenennau yn 1666 . Y mae'r arysgrif ar ei feddrod yn eglwys Penmorfa bron wedi treulio erbyn hyn; gwelir copi ohoni yn Trans. Shrops. Antiq. Soc. , II, iv, 54, a cheir copïau cyfoes ohoni wedi eu cadw mewn drafft yn Lladin , Cymraeg , a Saesneg . Eithr gan ddau fardd yr ysgrifennwyd ei feddargraff orau — a hynny pan ddaeth yn siryf am y tro cyntaf: ‘ Gŵr purffydd … a gŵr a nerthai'r Goron ,’ ac ‘ Mae rhinwedd ar eich cledd clau ’ ( N.L.W. Brogyntyn MS. 3/437 (397) ); wedi'r cyfan, milwr ydoedd yn anad dim arall, yn fwy hyddysg mewn milwriaeth (yr unig bwnc y bu wiw ganddo ychwanegu at lyfrgell y teulu arno) nag mewn gwleidyddiaeth resymegol neu ddiwinyddiaeth neu'r math o athrylith ddiplomyddol y mae'n rhaid wrthi mewn materion cyhoeddus; mewn materion gwleidyddol a chyhoeddus, fel y dywedodd yr archesgob John Williams , ‘ Valour will not do the business .’