Ar 25 Mehefin 1746 urddwyd ef yn weinidog i eglwys fawr a changhennog Henllan Amgoed , a bu'n hapus a llwyddiannus yno; ond annigonol iawn oedd ei gyflog, ac er gwario cynhysgaeth ei wraig (priododd yn 1750 , gw. isod) ar gadw fferm , prin y gallodd gydio deupen y llinyn. Yn Nhalacharn yr oedd yn byw o 1752 ymlaen. Bu'n cydymgais ( 1757 ) â David Jardine [q.v.] am academi newydd y Fenni , ac yn 1759 ceisiodd y blaid Galfinaidd ei gael yn athro yng Nghaerfyrddin yn hytrach na Jenkin Jenkins [q.v.] — dau brawf gweddol dda nad oedd yn Armin . Yn Ebrill 1760 , ‘ because I cannot maintain my family ,’ symudodd i Delph (Yorks) , lle y cafodd drafferth gan Uchel-Galfiniaid ; ac oddi yno yn 1763 i Morley , Leeds — yno, Methodistiaid a'i poenai. Yr oedd wedi hanner addo, yn 1763 , gymryd bugeiliaeth eglwys Pwllheli (hen eglwys ei dad-yng-nghyfraith), ond tynnodd ei addewid yn ôl — gwrthododd hefyd wahoddiad i Benybont-ar-Ogwr . Gwahoddwyd ef yn daer (ond yn ofer) yn 1766 i ddychwelyd i Henllan ; soniwyd yn 1777 am iddo fod yn gyd-athro â Jenkins yng Nghaerfyrddin , ac yn 1779 am iddo gymryd lle Jenkins , ond bu'n ddigon doeth i wrthod. Parlyswyd ef yn 1795 , ac ymddeolodd; bu f. ym Morley 2 Gorffennaf 1799 . Gyda dyddlyfrau Edmund Jones (ac efallai'n fwy felly na hwy), papurau a dyddlyfrau Thomas Morgan , sy'n awr yn Ll.G.C. , yw'r ffynhonnell werthfawrocaf ar hanes Annibyniaeth Cymru yn ail hanner y 18fed g. , a'i hymwneud â Methodistiaeth .

Bu Thomas Morgan yn briod ddwywaith: (1) â Sarah , ferch ieuengaf Daniel Phillips [q.v.] o Bwllheli ; bu hi f. 18 Medi 1764 — merch o'r Bala , gyda llaw, a gadwai dŷ Morgan yn ei weddwdod; (2) yn 1768 , â Margaret , gweddw'r Lewis Phillips a fu'n weinidog cynorthwyol ( 1748-68 ) iddo yn Henllan ; bu hi f. yn 1786 .