Yr adeg hon yr oedd Ymneilltuwyr Cymru o bob enwad yn ferw o ddadleuon diwinyddol, ac nid hir y bu cyn i weinidogaeth Michael Jones brofi'n faes un o'r dadleuon ffyrnicaf, dadl a ddaeth i'w hadnabod fel ‘ Dadl y Systemau .’ Er dyddiau'r Dr. George Lewis , ‘system’ Bresbyteraidd neu Henaduriaethol oedd y drefn yn yr Hen Gapel ; ac ynglŷn â hyn y cododd yr helynt flin. Yn gymhleth â hi yr oedd hefyd bynciau athrawiaethol fel uchel-Galfiniaeth ac Arminiaeth . Rhwygwyd yr eglwys yn ddwyblaid, sef plaid Michael Jones a phlaid yr Hen Bobl. Cyhuddid ef o anwybyddu'r egwyddor o Henaduriaeth yn llywodraeth yr eglwys a'i fod yn Armin , yn gwadu'r Pechod Gwreiddiol, yn ymddiried yng Ngallu Dyn ac yn haeru Cyffredinolrwydd y Prynedigaeth.
Ar 11 Tachwedd 1821 ciliodd yr Hen Bobl o'r eglwys; galwyd gweinidogion i geisio cymodi ond methwyd, ac yn y diwedd aed i gyfraith am feddiant o'r capel, a'r Hen Bobl a orfu. Bu Michael Jones a'i blaid allan o'r Hen Gapel am yn agos 10 mlynedd, gan addoli yn ei gartref yn y Weirglodd Wen lle y symudasai o dŷ'r Hen Gapel . Yn 1839 unodd y ddwyblaid â'i gilydd ac aethpwyd yn ôl i'r capel.
Symudodd Michael Jones i'r Bala yn 1842 i ofalu am ysgol newydd a ddaeth i'w hadnabod fel Athrofa'r Annibynwyr ar gyfer addysgu dynion ifanc i'r weinidogaeth. Cychwynasid hi i ddechrau yn Llanuwchllyn yn 1841 yn y Weirglodd Wen , lle hefyd y cynhaliai ef un o ysgolion y Dr. Daniel Williams .
Bu f. 27 Hydref 1853 a chladdwyd ef yn Rhosyfedwen , mynwent yr Hen Gapel .
Y Parch. Richard Griffith Owen, M.A., (1890-1973), Bangor