Yr oedd dyddiau cythryblus y rhyfeloedd cartref ar fin dod, a suddodd y profedigaethau i'w dyfnder isaf gyda Deddf Taenu yr Efengyl ( 1650-3 ). Dywaid Tout na throwyd George Griffith allan o Lanymynech ; hanner y gwir yw hynny, cafodd ganiatâd i gadw Llanymynech ar yr amod iddo droi ei gefn ar Landrinio , canys yr oedd y Ddeddf honno yn gosod llaw farw ar ddal mwy nag un fywoliaeth. Yn bur fuan aeth yn ffrae wyllt rhwng y Doctor a'r Piwritan Vavasor Powell , dewr ei galon a phwerus ei lais, gŵr a wyddai am bob modfedd o fynydd-dir Maesyfed a gwlad wastad Trefaldwyn Isaf ; cawsant ddadl gyhoeddus yn yr awyr agored yn y Capel Newydd ; gwaith Griffith yno oedd amddiffyn gweddïau ar lyfr yn hytrach na gweddi o'r frest; yn wir, llwyddodd y ddau i redeg ar ôl ei gilydd i bedair congl dadleuaeth ar ffurfiau addoli a llywodraeth eglwysig. Yr oedd y ddwy ochr yn crio buddugoliaeth; cyhoeddodd plaid Vavasor bamffled yn rhoddi'r hanes, a phlaid y Doctor dri o bamffledau. Er mor ddygn yr amddiffynnai y safon Anglicanaidd , gadawyd iddo aros yn Llanymynech hyd yr Adferiad , ac aeth dipyn o ffordd i gydnabod y caredigrwydd hwn drwy gymeradwyo pregethwyr i sylw'r ‘Triers’ Piwritanaidd (rhyw Biwritaniaid go arwynebol oedd y rhan fwyaf o'r pregethwyr hyn).

Pan ddaeth yr Adferiad yr oedd gyda'r cyntaf i'w benodi'n esgob , esgob Llanelwy . Yn Nhy'r Arglwyddi yr oedd iddo ran yn saernïo Deddf Unffurfiaeth 1662 , a gofalu bod Llyfr y Weddi Gyffredin yn dod allan yn ddianaf o'r dadleuon. Yn yr esgobaeth mynnodd gadw at reol yr esgob Owen fod pregethu Cymraeg i fod yn eglwys blwyf Llanelwy , ac nid oedd dim trugaredd ganddo at glerigwyr diog a drwgfucheddus; tu allan i'r esgobaeth, yn 1664 , penodwyd ef (gydag esgob Llundain ) i ddatrys dwy broblem astrus yn esgobaeth Tyddewi . Bu f. fis Tachwedd 1666 , gan adael un dirgelwch go fawr heb ei egluro; pan ofynnwyd iddo gan yr archesgob Sheldon yn 1665 pa nifer o weinidogion a drowyd allan yn esgobaeth Llanelwy wedi'r Adferiad , dywedodd ar ei ben ‘dim un,’ pryd y cydnabyddir gan haneswyr o'r ddwy ochr fod yno amryw ohonynt.

Yn 1684 , 18 mlynedd wedi ei farw, cyhoeddwyd yn Rhydychen waith o'i eiddo, Plain Discourses on the Lord's Supper , a'r flwyddyn 1685 , yn Rhydychen eto, waith arall, Gweddi'r Arglwydd wedi ei hegluro o dan olygiaeth William Foulkes [q.v.] , rheithor Llanfyllin . Mae peth lle dros gredu fod ail argraff- iad wedi ymddangos yn 1716 , ond mwy o sicrwydd ynghylch argraffiad Caernarfon yn 1806 , o dan nawdd y ‘ Bangor Tract Society .'