Efallai mai'r llyfr cyntaf a gyhoeddwyd ganddo oedd Llyfr Emynau i'r Annibynwyr Cymraeg . O'i gyhoeddiadau cynnar y pwysicaf yw'r argraffiad cyntaf o Cymru Fu , mewn tair rhan, swllt yr un — casgliad o hanesion, traddodiadau, chwedlau, a damhegion Cymraeg . Ysgrifennwyd y cwbl o'r rhain, gydag ychydig eithriadau, ganddo ef ei hun, er na ddywedir hynny yn y llyfr. Yn ddiweddarach gwerthodd hawlfraint y llyfr i ffyrm Gymreig arall. Cyhoeddodd Enwogion Cymru yn 1870 , a hwn oedd y geiriadur bywgraffyddol Cymraeg mwyaf a phwysicaf am lawer o flynyddoedd. Cyhoeddwyd hwn y tro cyntaf yn rhannau swllt yr un. Ysgrifennwyd llawer ohono gan Foulkes ei hun, ac efe oedd ei olygydd a'i gyhoeddwr . O hyn ymlaen cyhoeddodd lawer o lyfrau Cymraeg , mawr a bach, gan gynnwys adargraffiadau rhad o weithiau'r beirdd a'r ysgrifenwyr rhyddiaith mwyaf adnabyddus. Ymhlith y llyfrau pwysicaf a gyhoeddodd ceir Dafydd ap Gwilym , 1873 ; y Mabinogion Cymreig , 1880 ; Iolo Manuscripts (ail arg.), 1888 ; Philip Yorke , The Royal Tribes of Wales , 1887 ; a John Fisher , The Cefn Coch MSS. , 1899 . Cyhoeddodd gofiannau nodedig: i'r Dr. Thomas Charles Edwards , Dr. John Hughes , Caernarfon , Daniel Owen y nofelydd , John Ceiriog Hughes (‘ Ceiriog ’) , a hefyd gyfrol o farddoniaeth a llythyrau Goronwy Owen . Cyhoeddodd lyfrau rhatach, ‘ Cyfres y Ceinion ,’ am swllt yr un, yn cynnwys gweithiau ‘ Hiraethog ,’ ‘ Ceiriog ,’ ‘ Elfed ,’ ac eraill, ac yng ‘ Nghyfres y Classuron Cymreig ,’ a werthid am dair ceiniog yr un, ceir gweithiau adnabyddus fel y Bardd Cwsg , Llyfr y Tri Aderyn , a barddoniaeth John Blackwell (‘ Alun ’) . Cyfrannodd hefyd i Drafodion y Cymmrodorion .

Yr oedd yn awdur nifer o nofelau megis Rheinallt ab Gruffydd , 1874 , a'r Ddau Efell, neu Llanllonydd , 1875 , ac yn ei ddyddiau cynnar ysgrifennai i gyfnodolion Cymraeg , yn arbennig i'r Cronicl , yr Herald , yr Amserau , etc. Eithr fel cychwynnydd, perchennog , a golygydd y Cymro y mae Isaac Foulkes yn fwyaf adnabyddus. Cyhoeddwyd y rhifyn cyntaf o'r newyddiadur hwn ar 22 Mai 1890 . Yn wleidyddol yr oedd yn Rhyddfrydwr ac yn bleidiwr selog i achos heddwch , ond ei brif ddiddordeb oedd cadwedigaeth yr iaith a llenyddiaeth Gymraeg . Gwnaeth fwy na'r un cyhoeddwr arall i ddwyn llyfrau Cymraeg rhad i gyrraedd y bobl. Tua diwedd y 19eg g. , pan oedd cynnyrch llenyddol awduron Cymraeg yn isel, gwnaeth Foulkes , trwy ei newyddiadur a thrwy ailgyhoeddi clasuron Cymraeg , wasanaeth amhrisiadwy i'r Cymry cyffredin.

Priododd (1), 1860 , Anna Foulkes , Rhuthyn (bu f. 1900 ); (2), 1904 , Sinah Owen , Hafod Elwy . Bu f. yn Rhewl , ger Rhuthyn , 2 Tachwedd 1904 , a'i gladdu yn Llanbedr .